Disons que la raison principale est de stopper les spammeurs à la source.
Un spammeur ne va pas faire un processus pour envoyer 3,000 emails par mois, il va essayer d'envoyer 10,000 emails en 5 minutes (ca s'est vu plusieurs fois sur lesCigales.ORG).
Dans le cadre des bons hébergés qui voudraient publier une newsletter, ils devront la programmer selon le quota appliqué, ce qui entraine aussi une bonne utilisation des ressources par les hébergés au lieu d'un comportement à l'aveuglette qui peut entrainer des abus sans le vouloir (erreur, une personne envoie 4 fois sa newsletter et boom, le serveur se retrouve avec une grosse 'queue' d'emails).
Les newsletters (emails envoyés massivement ponctuellement) ne représentent pas non plus la situation courante.
Généralement, un site de base est un forum / blog / site avec page de contact et donc les emails envoyés ne le sont que rarement, dans le cas d'une inscription utilisateur par ex.
Le but étant bien sûr d'autoriser la fonction mail() (de ne pas la bloquer comme d'autres hébergeurs) mais aussi d'inciter les personnes qui utilisent le service à le pérenniser en souscrivant à une offre pro (dans laquelle ce quota sera levé).